ということで原因を調査。
http://cygwin.com/ml/cygwin/2007-02/msg00616.html
にある通り、
/etc/profile.d/00xorg-x11-base.csh 内の
eval "/bin/echo ${PATH} | /bin/grep -q /usr/X11R6/bin"
の行、
/etc/profile.d/lapack.csh 内の
eval "/bin/echo ${PATH} | /bin/grep -q ${LA_BINDIR}"
の行、それぞれの「"」を「'」に書き換えて解決。